Do najcenniejszych kolekcji Muzeum należy zbiór judaików mający na celu przybliżenie kultury materialnej i duchowej społeczności, która do wybuchu II wojny światowej stanowiła ponad połowę ludności miasta. Trzon kolekcji stanowią przedmioty związane z kultem religijnym, zarówno tym sprawowanym w synagogach – dwa zwoje Tory i elementy jej rytualnego ubioru, parochety czyli zasłony na szafy ołtarzowe, jak i tym odbywającym się w domach – tałes czyli szal modlitewny, atary – kołnierze do tałesów, tefiliny – kostki modlitewne, liczne świeczniki: ośmiopłomienne lampki chanukowe, siedmioramienne menory, balsaminki czyli kadzielniczki o wieżyczkowym kształcie, puszki na owoc etrogu, w tym XVII-wieczna wykonana w Naumburgu w kształcie owocu granatu, naczynia: talerze sederowe, kubki i pucharki kiduszowe, kieliszki, zaś jej dopełnieniem są przedmioty codziennego użytku, archiwalia i malarstwo, w obrębie którego wymienić można prace nie tylko twórców lokalnych Jana Chwastowskiego i Władysława Bytomskiego, ale także Leona Lewkowicza, Artura Markowicza, Michała Pociechy i Gustawa Rogalskiego.